BJ Habibie menghembuskan nafas terakhirnya di ruangan Cerebro Intensive Care Unit (CICU), RSPAD Gatot Soebroto, Jakarta Pusat, selepas adzan Maghrib pukul 18.05 WIB, di usia 83 tahun. Ia dirawat intensif sejak 1 September 2019. Mantan Menteri Negara Riset dan Teknologi periode 1978-1998 ini meninggal karena gagal jantung.
Habibie dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta Timur, Kamis siang. Ia dimakamkan tepat di samping makam istri tercintanya, Hasri Ainun. Bersama Ainun, Habibie dikaruniai dua orang anak yaitu Ilham Akbar Habibie dan Thareq Kemal Habibie.
